معترضان مصری برای اعتراض به مدینه رفتند و با وساطت امام علی(ع) و نیز تعهد عثمان به اصلاح امور به سوی مصر بازگشتند؛ اما در مسیر بازگشت نامه عثمان به فرماندار مصر را یافتند که در آن به قتل و زندانیکردن آنان دستور داده بود. از اینرو به مدینه بازگشتند و خواستار کنارهگیری عثمان از خلافت شدند اما عثمان با خواسته آنان موافقت نکرد. آنان خانه عثمان را محاصره کردند و پس از چهل روز محاصره، او کشته شد و از دفنش در قبرستان مسلمانان نیز جلوگیری شد.
امام علی(ع) در این ماجرا، اگرچه عثمان را دارای خطاها و اشتباهات میدانست؛ اما با کشتن او موافق نبود، از این رو به افرادی همچون امام حسن(ع) و عبدالله بن زبیر دستور داد که از خانه عثمان محافظت کنند.
کشتهشدن عثمان، سبب آغاز درگیری و جنگهای داخلی میان مسلمانان شد؛ از جمله درگیری میان بنیهاشم و بنیامیه دوباره برافروخته شد و عایشه، طلحه و زُبیر، جنگ جَمَل را به بهانه خونخواهی عثمان به راه انداختند. این رخداد سرآغاز فتنهها در جهان اسلام دانسته شده است. همچنین، قتل عثمان را سرآغاز پیدایش عثمانیه بهشمار بردهاند
تاج بده