پایتخت سلجوقیان در زمان ملکشاه، شهر "مرو" بود. اما در دوران بعدی و به ویژه در زمان ملکشاه، اصفهان به عنوان یکی از مهمترین و عمده‌ترین مراکز حکومتی و فرهنگی سلجوقیان تبدیل شد و این شهر به طور غیررسمی به عنوان پایتخت تلقی می‌شد. ملکشاه، که یکی از قدرتمندترین پادشاهان سلجوقی بود، اهمیت زیادی به توسعه فرهنگی و اقتصادی اصفهان داد و این شهر در آن زمان به یکی از نقاط مهم تاریخی و فرهنگی تبدیل شد. پس می‌توان گفت که در زمان ملکشاه، اصفهان و مرو هر دو نقش مهمی را ایفا می‌کردند.
