تفاوتهای زیادی بین این دو نوع سلول وجود دارد، اما بزرگترین تمایز بین آنها این است که یاختههای یوکاریوتی هسته جداگانهای دارند که حاوی ماده ژنتیکی سلول است، در حالی که سلولهای پروکاریوتی فضای غشا داری به نام هسته ندارند و به جای آن ماده ژنتیکی آنها در سیتوپلاسم شناور و آزاد است.