در عمل فسیل شدن به طریق جانشینی، مواد سیلیسی در شرایطی که آب‌های گرم یا مملو از سیلیس در اطراف بقایای جاندار باشد، جایگزین مواد اصلی اسکلت یا بافت جاندار می‌شوند. این فرآیند معمولاً در محیط‌های غنی از سیلیس و تحت فشار و دمای مناسب رخ می‌دهد. سیلیس گاهی به شکل ژل در منافذ و فضاهای مرده نفوذ کرده و مواد اصلی را حل کرده یا جایگزین می‌کند.
