اگر مخروط افت یک چاه با یک منبع آلوده مانند چاه فاضلاب برخورد کند، آب زیرزمینی آلوده میشود. این آلودگی میتواند کیفیت آب را کاهش دهد و سبب بیماریها و مشکلات زیستمحیطی شود.
در مناطق خشک، بهرهبرداری بیش از حد از آبهای زیرزمینی موجب افت سطح آب میشود. این امر ممکن است باعث ورود آب شور از مناطق مجاور شود، که منجر به افزایش شوری آب و کاهش کیفیت آن میگردد.