پپسین گوارش پروتئین هارا در معده اغاز میکند(گفتیم اسیدمعده یعنیHCL برروی پپسینوژن ها اثر میکند پپسینوژن تبدیل به پپسین میشود باز پپسین برروی پپسینوژن ها اثر میکند و تولید پپسین را پیشتر میکند و پپسین پروتئین هارا به مولکول های کوچکتر تبدیل میکند نباید بگیم به واحد سازه فقط به مولکول های کوچکتر تبدیل میکند) در روده ی باریک بخاطر فعالیت پروتئازهای لوزالمعده (پروتئاز به انزیم هایی گفته میشود که باعث تجزیه ی پروتئین ها می شوند) و این پروتئاز های لوزالمعده و انزیم های روده ی باریک پروتئین هارا به امینو اسیدها تجزیه میکنند(امینو اسید واحد سازنده یا همون مونومر پروتئین ها است)