مرجع تقلید مجتهدی است که گروهی از شیعیان در مسائل فقهی بر اساس فتاوای او عمل میکنند و وجوهات شرعی را در اختیار او قرار میدهند. مرجعیت، بالاترین مقام مذهبی در بین شیعیان دوازده امامی است. این مقام، انتصابی نیست و معمولا شیعیان با پرس و جو از روحانیان و عالمان دینی، کسانی را که صاحب این صلاحیت باشند، شناسایی میکنند. مهمترین شرط احراز این جایگاه، برتری علمی نسبت به سایر مجتهدان است. پیروان مرجع تقلید نیز مُقَلِّدان او خوانده میشوند. نظرات فقهی مراجع تقلید در کتابی با نام رساله توضیح المسائل منتشر میشود.
با توجه به گستره جغرافیایی تشیع، در هر دوره معمولا چندین مجتهد عهدهدار این منصب بودهاند و در موارد معدودی، فقط یک نفر در بین اکثریت شیعیان جهان به عنوان مرجع تقلید عام وجود داشته است. این افراد معمولا با عناوین احترامآمیزی همچون آیت الله العظمی و آیت الله نام برده میشوند. بیشترین مراجع تقلید ساکن عراق در شهرهای (نجف، کربلا و سامرا) بودهاند و مراجع ساکن ایران در شهرهای (قم، مشهد، اصفهان و تهران) زیستهاند.
از نامدارترین مراجع تقلید متأخر میتوان به محمدحسن نجفی مشهور به صاحب جواهر، شیخ مرتضی انصاری، سید محمدحسن شیرازی (صاحب فتوای تحریم تنباکو)، محمدتقی شیرازی، آخوند خراسانی، عبدالکریم حائری یزدی، سید ابوالحسن اصفهانی، سید حسین بروجردی، سید محسن حکیم، سید ابوالقاسم خویی و سید روحالله خمینی (بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران) اشاره کرد.
مراجع تقلید شیعه معمولا دارای نفوذ فراوانی در بین مردم بودهاند و گاه نظرات آنان در حوزه مسائل اجتماعی و سیاسی و فرهنگی، تحرکاتی در بین پیروان آنان ایجاد کرده است. جنگ علیه روسیه، قیام تنباکو، نهضت مشروطه و انقلاب اسلامی در ایران همچنین انقلاب عشرین در عراق را میتوان جزء مهمترین تاثیرات مراجع تقلید شیعه عنوان کرد.