مهندسی پروتئین و بهبود عملکرد آن نیازمند شناخت کامل ساختار و عملکرد آن است. تغییر در پروتئین می تواند جزئی یا کلی باشد. این تغییر در مقایسه با پروتئین طبیعی است. تغییرات جزئی شامل تغییر در رمز یک یا چند آمینواسید است و می تواند شامل برداشتن قسمتی تا ترکیب بخش هایی از ژن های مربوط به پروتئین های متفاوت باشد. [ناخوانا] است که می توان از آنها به منظور تغییر در پروتئین ها و بهبود عملکرد آن انجام است.