مدارس شاهد در وهله اول برای خانواده شهدا، جانبازان و ایثارگران و در وهله دوم برای دانش آموزان با شرایط خاص راه اندازی شده اند. واحدهای مختلف مدارس شاهد، در سراسر کشور در سه مقطع تحصیلی دبستان، متوسطه اول و متوسطه دوم از میان داوطلبان واجد شرایط سهمیه آزاد و ایثارگران دانش آموز می پذیرند.
مدارس شاهد در تمامی مقاطع تحصیلی اعم از دبستان، متوسطه اول و متوسطه دوم پذیرش دانش آموز دارند. اولویت اصلی این مدارس فرزندان خانواده های شاهد هستند اما این به این معنی نیست که از پذیرش سایر دانش آموزان در آن امتناع شود. دانش آموزان با شرایط خاص هم امکان تحصیل در این مدارس را دارند.