تفاوت دستگاه عصبی پیکری و خودمختار بر اساس عملکرد آن ها است. دستگاه عصبی خودمختار بر خلاف دستگاه عصبی پیکری تحت کنترل ارادی شما نیست. استیل کولین در دستگاه عصبی خودمختار یک نوروترسمیتر بازدارنده است یعنی وجود آن باعث خاتمه حرکات میشود. گوارش، ضربان قلب و ترشحات گوناگون داخلی در نتیجه فعالیت های دستگاه عصبی خودگردان هستند.
بخش سمپاتیک دستگاه عصبی خودمختار، اجزای دستگاه عصبی مرکزی را در سینه، شکم و کمر دارد. سیگنال های آن در ساختاری به نام گره های سمپاتیک (گانگلیون ها) که در کنار نخاع قرار گرفته پردازش میشوند.
بخش پاراسمپاتیک دستگاه عصبی خودمختار بخش مربوط به دستگاه عصبی مرکزی را در سر و در بخش پایینی نخاع دارد. همچنین دارای گانگلیون است، اما این ها به جای نزدیک بودن به نخاع، به اندام های هدف سیگنال های عصبی نزدیک اند.