در میکروسکوپ نوری در مسیر نور، کندانسوری برای تمرکز نور بر روی نمونه قرار دارد تا اتلاف نور به کمترین حد ممکن برسد. برای متمرکز ساختن پرتوهای الکترون در میکروسکوپ الکترونی، لازم است از لنزهای مغناطیسی استفاده شود.
اساس عملکرد میکروسکوپ نوری بر پایه نوری است که به صورت موج مرئی به جسم میتابد اما در میکروسکوپ الکترونی به جای استفاده از امواج نور مرئی از امواج الکترونی استفاده میشود.
میکروسکوپهای الکترونی بسیار پیچیدهتر هستند و استفاده از آنها به طور مؤثر نیاز به آموزش دارد و اغلب در آزمایشگاههای تحقیقاتی مورد استفاده قرار میگیرند.