هدف فرایند زنجیره انتقال الکترون،برای بازسازی FAD+, NAD و تولید ATP بیشتره،که توی قسمت غشای درونی میتوکندی قرار داره،اول از لحاظ ساختاری بررسی میکنیم:توی شکل سمت چپ:پنج عضو پروتئینی دیده میشه که سه عضو فرد پمپ یون هیدرونیوم هستن و دو عضو زوج پمپ نمیکنن،پروتئین های بزرگ پروتئین سراسری و پروتیین های کوچک پروتئین های محیطی هستن،شمل سمت راست یک مجموعه پروتئینی به اسم آنزیم ATPساز هستش که از سه قسمت تشکیل شده و قسمت چرخنده اون مثل یک توربین عمل می‌کنه،این دو ساختار از هم جدا هستن. در زنجیره انتقال الکترون به وسیله انرژی الکترون های NADH و FADH2 یون هیدرونیوم از فضای درونی به فضای بین دو غشا برخلاف جهت شیب غلظت پمپ میشه،توی قسمت اول یعنی عضو شماره یک از چپ NADH به عضو شماره یک متصل با یون هیدرونیوم واکنش نشون میده +NAD تولید میشه در فضای ماتریکس و دو الکترون از این واکنش به وجود میاد با حرکت این دو الکترون از عضو شماره یک، یون هیدرونیوم به فضای بین دو غشا پمپ میشه،FADH2 به عضو شماره دو متصل میشه دو الکترون و FAD رو تولید می‌کنه که این دو الکترون هم بین پروتئین ها حرکت میکنن و باعث پمپ یون هیدرونیوم میشن،قبلا هم گفته بودم تنها مولکولهای بزرگ تو تصویر قدرت پمپ کردن رو دارن اما همشون قدرت انتقال رو هم دارن،گیرنده نهایی الکترون در زنجیره انتقال الکترون غشای راکیزه،اکسیژن است که باعث تولید آب میشه و تنفس هوازی هستش،تا اینجای کار برای تولید ATP یون های هیدرونیوم در خلاف جهت غلظت پمپ شدن حالا باید برگردن سر جای قبلیشون تا تراکم اونها در دو طرف به تعادل برسه :قسمت بعدی آنزیم ATPساز که قسمت چرخنده اون که بین دو لایه فسفولیپیدی قرار داره دارای ده جایگاه برای اتصال یون هیدرونیوم با پر شدن این جایگاه ها قسمت چرخنده یک دور می‌چرخه تا یون هیدرونیوم رو جا به جا کنه در واقع از نیروی محرکه یون هیدرونیوم هم برای تولید ATP از ADP و گروه فسفات استفاده می‌کنه