دو هیدروژن به صورت ازاد در فضای داخلی میتوکندری در میان
اما از اونجایی که پمپ زنجیره انتقال الکترون با استفاده از انرژی الکترون دریافتی به پمپ کردن و انتقال هیدروژن به فضای بین دو غشا می پردازه در نتیجه میزان غلظت هیدروژن در فضای درونی کاهش پیدا میکنه